Para alumni Akademi Militer Yogyakarya (MA-Yogya) terlibat dalam Penumpasan Pemberontakan PRRI (Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia) di Sumatra, 1958-1961. Pemerintahan tandingan dalam wujud PRRI muncul karena ketidakpuasan di daerah terhadap kebijakan pemerintah pusat saat itu. Perlawanan PRRI dan upaya penumpasannya diyakini menimbulkan korban hingga puluhan ribu jiwa.
